沿海部における日本漁業の歴史はたいへん古く、農業や牧畜が未発達だった縄文時代以前から、日本人の祖先たちは漁や採集によって魚介類を収獲していたと考えられる。
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鎌倉時代には漁を専門とする漁村があらわれ、魚・海草・塩・貝などを年貢として納めるようになった。室町時代にはさらに漁業の専門化がすすみ、沖合漁業がおこなわれるようになり、市の発達や交通網の整備、貨幣の流通など商業全般の発達に漁業も組み込まれていった。
江戸時代には遠洋漁業がおこなわれ、また、上方で発達した地曳網による大規模な漁法が全国に広まるなど、漁場が広がった。
戦後の日本経済の成長とともに水揚げ量は増加したが、その増加を牽引した遠洋漁業・沖合漁業が1973年の石油ショックによって漁船のコスト高の影響を受け、また1970年代後半から世界の漁業国が200海里規制を取るようなると、遠洋漁業・沖合漁業の水揚げ量は減少した。
さらに1985年のプラザ合意以降、円高が進んだために水産物の輸入が増加した。1980年代半ば以降、遠洋漁業・沖合漁業・沿岸漁業などの海面漁業は漁獲量の下落傾向が続き、2000年には水産物の輸入量が生産量を上回った。
このように漁業資源をめぐる国際競争は激化し、今日の日本の漁業は国際化の波にもさらされる一方で、近年は、そうした「とる漁業」から、人工孵化、採卵、放流などによる「育てる漁業」（栽培漁業・養殖漁業）への転換をはかる努力が続けられている。
水揚げ量と水揚げ高という用語は、それぞれ、前者が重さ、後者が金額をあらわしている。そのため、水揚げ量の多い漁港と水揚げ高の多い漁港が一致しないことはよくある。